Vivo (classificazione filogenetica)

Questa pagina apre una serie che si propone di presentare un albero filogenetico delle cellule viventi , ovvero un cladogramma che evidenzi le complesse relazioni evolutive esistenti tra i diversi organismi viventi o estinti (eccetto il mondo virale) raggruppati in taxa , come le ultime analisi riconosciute suggerire. Questa è solo una possibilità, e questo albero come i seguenti (negli articoli a seguire indicati da ►) sono in continuo aggiornamento.

A causa dei suoi nuovi metodi, la filogenesi, una scienza recente all'origine della classificazione filogenetica degli esseri viventi, è in piena espansione e talvolta offre risultati che contraddicono le vecchie classificazioni, basate esclusivamente su criteri morfologici e fisiologici. Inoltre, alcuni punti specifici sono talvolta ancora oggetto di dibattito all'interno della comunità scientifica. L'obiettivo, se applicabile, è anche presentarli qui.

alberi filogenetici

Visione delle tre aree:

o visione attuale (2020):

Dibattito scientifico sulla filogenesi degli esseri viventi

Uno dei principali problemi alla radice dell'albero della vita è ovviamente il posto di questa radice in relazione ai gruppi conosciuti. Da Carl Woese si considera che ci siano tre “imperi viventi” ( Archaea , Eubacteria ed Eukaryota ) con una radice non rintracciabile poiché l'analisi supporrebbe avere un gruppo esterno... L'origine degli Eukaryota è essa stessa controversa: gruppo fratello di Archaea o Crenarchaeota da solo , terza linea o origine simbiotica, ruolo dei trasferimenti laterali, ecc.

Un nuovo studio condotto nel 2016 da Spang et al. mostra, grazie all'analisi dell'RNA 16S, somiglianze nella codifica di alcune proteine ​​tra il gruppo di Archaea Asgard recentemente scoperto e gli Eucarioti. Spang et al. collocherebbe la radice degli Eucarioti all'interno dell'archaea stesso , all'interno di un gruppo chiamato "Eukaryomorpha" comprendente gli Asgard e gli Eucarioti . Questo gruppo di Eukaryomorpha sarebbe a sua volta correlato al gruppo di archaea chiamato TACK . Tuttavia, questa teoria è stata contestata nel 2018 da Da Cunha et al. , poi riabilitato pur essendo modificato.

Infatti, l' NCBI , in una pubblicazione, propone il fatto che gli archaea di Asgard formino un gruppo monofiletico con gli Eucarioti , pur conservando la monofilia degli archei , contrariamente alle pubblicazioni di Spang et al. Infatti, gli Asgard e gli Eucarioti (raggruppati sotto il nome di Eukaryomorpha) formerebbero il gruppo fratello dei veri Archaea. Questo studio manterrebbe la teoria dei tre domini.

Attualmente, è impossibile sapere come si articola il mondo virale con il mondo cellulare. Non ce ne occupiamo quindi in questo articolo né nella serie che si apre con le pagine dei tre “imperi viventi”.

Avvertenze e osservazioni sugli alberi

Una propaggine da seguire

I cladogrammi presentati in questa serie hanno una ramificazione sviluppata fino ai ranghi immediatamente superiori ai generi . Devono essere coerenti con le ultime analisi pubblicate e accessibili. Non sono necessariamente consensuali, e si può sempre fare riferimento alle bibliografie indicate a fine articolo.

I nomi dei taxa sono dati in latino , in accordo con le convenzioni scientifiche internazionali (e la convenzione di denominazione per i taxa maggiori del genere, in questa Wikipedia ). Essendo differenti le abitudini tipografiche dei botanici e degli zoologi, ed alcuni gruppi attuali ricadenti nei due campi tradizionali, come anche per comodità di lettura, i nomi di taxa superiori al genere saranno tutti scritti in caratteri retti, i nomi di generi o specie in corsivo.

I cladogrammi di questa serie di articoli presentano anche i gruppi fossili, che talvolta aumentano notevolmente le loro dimensioni, anche in larghezza. È quindi per una migliore leggibilità che proponiamo diversi articoli che presentano alberi di dimensione variabile, secondo i taxa più "importanti", piuttosto che un "albero generale".

Ecco una guida per trovare più velocemente i diversi articoli. Questo non è un albero filogenetico, ma un sommario - sommario che menziona non la ramificazione dei taxa, ma come gli articoli di questa serie si incastrano. I taxa non menzionati sono sviluppati nell'articolo sul taxon di livello superiore (esempio: Demospongiae nell'articolo sui Metazoa ).

i vivi

Sono scomparse le classi, gli ordini e le famiglie

In questi alberi, "─o" denota un "nodo" (quando non gli è stato ancora dato un nome scientifico, semplicemente non è nominato, o è indicato da ellissi) o un "ramo" terminale (quando non ha ancora ricevuto un nome scientifico, porta il nome di un genere rappresentativo in corsivo). “─? Significa incertezza sulla posizione del clade nell'albero o se esiste anche come clade monofiletico . Inoltre, ogni "nodo" che porta più di due "rami" rappresenta già un'incertezza dell'analisi cladistica.

Nota che ad ogni “nodo”, l'ordine in cui indichiamo i diversi rami non ha altra importanza che grafica: se A e B sono fratelli, allora anche B e A! Un “nodo” che porta un solo ramo non ha significato: quando i nomi della nomenclatura linnea sono molto diversi a seconda dei suoi livelli di classificazione, i nomi principali dello stesso taxon sono stati generalmente indicati sulla stessa riga. Il nome dell'ordine era generalmente preferito a quello della famiglia quando erano costruiti sulla stessa radice.

Contingenze

I nomi dei taxa, in precedenza parafiletici (non comprendendo tutti i discendenti del loro ultimo antenato comune), hanno visto il loro significato ristretto o esteso in modo da poter essere applicati a cladi monofiletici e rimanere nell'albero; altri taxa parafiletici o polifiletici sono puramente e semplicemente scomparsi dalla classificazione filogenetica e non si trovano più nei nostri cladogrammi, anche se rimangono di uso frequente, come i procarioti , i protisti , i protozoi , gli actinopodi , gli eliozoi , le alghe , le pteridofite , le dicotiledoni , gli invertebrati , le spugne o Porifera , lo Sclerospongia , i celenterati , il pesce , l'Agnatha , l'ostracodermi , le placodermi e Acantodi , i rettili , gli ungulati , le pterobranchs , il pseudocoelomate , l'Unirames , i Maxillopods , il Turbellaria , i Policheti , ecc.

Alcuni "piccoli" taxa (generalmente "sottofamiglie" o "famiglie" della classificazione tradizionale), sebbene parafiletici, appaiono ancora nell'albero come tali; altrimenti sarebbe stato necessario "scendere" al livello dei generi, anche delle specie! Altrove, intere sezioni mantengono di default nei cladogrammi presentati una classificazione più tradizionale, chiamata ad essere modificata da analisi non ancora effettuate o da nuove pubblicazioni...

Inoltre, possono essere stati commessi errori e questi articoli rimangono costantemente aggiornati; non è consigliabile fidarsi del loro contenuto senza verifica. I link ei riferimenti riportati alla fine degli articoli indicano fonti ritenute attendibili, ma talvolta contraddittorie. I termini del dibattito sono anche spiegati molto brevemente nei vari articoli.

Note e riferimenti

  1. (in) Tom A. Williams et al. , La modellazione integrativa dell'evoluzione genica e genomica radica l'albero della vita arcaico , pubblicato nel 2017 DOI : 10.1073/pnas.1618463114
  2. (in) Castelle, CJ, Banfield, JF, "  I gruppi principali espandono la nuova diversità microbica e alterano la nostra comprensione dell'albero della vita  " , Cell , vol.  172, n .  6,2018, pag.  1181-1197 ( PMID  29522741 , DOI  10.1016 / j.cell.2018.02.016 )
  4. "  La materia oscura degli esseri viventi  ", Pour la Science , n o  469 "Numero speciale: Il nuovo mondo dei microbi  ",novembre 2016, pag.  32-33 ( ISSN  0153-4092 , leggi in linea )
  5. (in) Violet Da Cunha , Morgan Gaia , Arshan Nasir e Patrick Forterre , " Gli  archaea di Asgard non chiudono il dibattito sulla topologia universale dell'albero della vita  " , PLoS Genetics , vol.  14, n .  3,29 marzo 2018, e1007215 ( ISSN  1553-7404 , PMID  29596428 , PMCID  PMC5875737 , DOI  10.1371 / journal.pgen.1007215 , lettura online , accesso 10 febbraio 2019 )

Saperne di più

Bibliografia

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link esterno

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