Archaea (classificazione filogenetica)

Lo scopo di questa pagina è presentare un albero filogenetico di Archaea ( Archaebacteria , Archébacteria, Archaea), ovvero un cladogramma che evidenzi le relazioni di parentela esistenti tra i loro diversi gruppi (o taxa), come le ultime analisi riconosciute offrono loro. Questa è solo una possibilità, e di seguito, prima della bibliografia, vengono brevemente presentati i principali dibattiti che rimangono all'interno della comunità scientifica.

Albero filogenetico

Il cladogramma qui presentato vuole essere coerente con le ultime analisi pubblicate e accessibili. Non è necessariamente consensuale e si può sempre fare riferimento alla bibliografia indicata in fondo all'articolo.

Il simbolo ▲ si riferisce alla parte immediatamente superiore dell'albero filogenetico degli esseri viventi. Il segno ► si riferisce alla classificazione filogenetica del gruppo considerato. Qualsiasi nodo dell'albero portante più di due rami mostra un'indeterminatezza della filogenesi interna del gruppo considerato.

Le abitudini tipografiche di botanici e zoologi sono diverse. Qui, per comodità di lettura, e per alcuni gruppi attuali che rientrano nei due domini tradizionali, i nomi dei taxa superiori al genere sono tutti scritti in caratteri retti, i nomi dei generi o delle specie in corsivo.

A seguito di un taxon , il suo periodo di comparsa, quando noto, può essere indicato dalla seguente legenda: ( Plé ): Pleistocene ; ( Pli ): Pliocene ; ( Mio ): Miocene ; ( Oli ): oligocene ; ( Eoc ): Eocene ; ( Pal ): Paleocene ; ( Cre ): Cretaceo ; ( Jur ): Giurassico ; ( Tri ): Triassico ; ( Per ): Permiano ; ( Auto ): Carbonifero ; ( Dev ): devoniano ; ( Sil ): Siluriano ; ( Ord ): Ordoviciano ; ( Camb ): Cambriano ; ( Edi ): Ediacaran . Per una maggiore precisione, se possibile, ( - ): inferiore; ( ~ ): medio; ( + ): superiore.

▲ └─o Archaebacteria ou Archaea ├─o Thaumarchaeota │ ├─o Cenarchaeales │ ├─o Nitrosopumilales │ └─? Nitrosocaldales └─o ├─o │ ├─o Korarchaeota │ └─o Crenarchaeota ou Eocyta │ ├─o Thermoproteales │ │ ├─o Thermoproteaceae │ │ └─o Thermofilaceae │ └─o │ ├─o Sulfolobales │ └─o │ ├─? Fervidicoccales │ ├─o Acidilobales │ │ ├─o Caldisphaeraceae │ │ └─o Acidilobaceae │ └─o Desulfurococcales ou Igneococcales │ ├─o Desulfurococcaceae │ └─o Pyrodictiaceae └─o Euryarchaeota ├─? groupes "ARMAN" ├─o Nanoarchaeota ├─? Nanohaloarchaea └─o ├─o Thermococcales └─o ├─o │ ├─o Methanopyrales │ └─o │ ├─o Methanobacteriales │ │ ├─o Methanobacteriaceae │ │ └─o Methanothermaceae │ └─o Methanococcales │ ├─o Methanococcaceae │ └─o Methanocaldococcaceae └─o ├─o Thermoplasmatales ou Picrophilales │ ├─o Thermoplasmataceae │ └─o │ ├─o Picrophilaceae │ └─o Ferroplasmataceae └─o ├─o Archaeoglobales └─o ├─o Halobacteriales └─o Methanomicrobia ├─o Methanosarcinales │ ├─o Methanosarcinaceae │ ├─o Methanosaetaceae │ └─o Methermicoccaceae ├─o Methanocellales └─o Methanomicrobiales ├─o Methanospirillaceae ├─o Methanocorpusculaceae └─o Methanomicrobiaceae

Dibattito scientifico sulla filogenesi di Archaea

Se oggi, nonostante la grande distanza che separa le due principali divisioni archeane, la monofilia del gruppo sembra acquisita (contro il radicamento degli eucarioti all'interno degli eociti), la questione controversa è quella dell'origine dei batteri metanogeni: il carattere è apparso solo una volta in ritardo ( cf. Gao e Gupta), o anche una volta alla base dell'Euryarchea (e successivamente persa in alcuni gruppi), o in più occasioni. La scoperta di nuovi Archaea, probabilmente divergenti alla base dell'albero, o dei “Nanoorganismi acidofili archeani della miniera di Richmond” (conosciuti come ARMAN), ci permette di intravedere meglio la diversità del gruppo, in attesa di una soddisfacente visione la sua filogenesi.

Classificazione secondo Cavalier-Smith

Classificazione secondo Cavalier-Smith 2002 ─o division des Archaebacteria ├─o sous-division des Euryarchaeota │ ├─o super-classe des Neobacteria │ │ ├─o classe des Methanothermea (probablement paraphylétique) │ │ │ ├─o ordre des Methanobacteriales │ │ │ └─o │ │ │ ├─o ordre des Methanomicrobiales │ │ │ ├─o ordre des Methanococcales │ │ │ └─o ordre des Methanopyrales │ │ ├─o classe des Archaeoglobea │ │ │ └─o ordre des Archaeoglobales │ │ └─o classe des Halomebacteria │ │ ├─o ordre des Methanosarcinales │ │ └─o ordre des Halobacteriales │ └─o super-classe des Eurythermea (probablement paraphylétique) │ ├─o classe des Protoarchaea │ └─o classe des Picrophilea └─o sous-division des Crenarchaeota └─o classe des Crenarchaeota ├─o │ ├─o ordre des Thermoproteales │ ├─o ordre des Sulfolobales │ └─o ordre des Desulfurococcales ├─o ordre des Cenarchaeales └─? Korarchaeota

Classificazione secondo Bergey

Classificazione secondo Bergey's 2004 ─o domaine des Archaea ├─o embranchement des Crenarchaeota │ └─o classe des Thermoprotei │ ├─o ordre des Thermoproteales │ │ ├─o famille des Thermoproteaceae │ │ └─o famille des Thermofilaceae │ ├─o ordre des Caldisphaerales │ │ └─o famille des Caldisphaeraceae │ ├─o ordre des Desulfurococcales │ │ ├─o famille des Desulfurococcaceae │ │ └─o famille des Pyrodictiaceae │ └─o ordre des Sulfolobales │ └─o famille des Sulfolobaceae └─o embranchement des Euryarchaeota ├─o classe des Methanobacteria │ └─o ordre des Methanobacteriales │ ├─o famille des Methanobacteriaceae │ └─o famille des Methanothermaceae ├─o classe des Methanococci │ └─o ordre des Methanococcales │ ├─o famille des Methanococcaceae │ └─o famille des Methanocaldococcaceae ├─o classe des Methanomicrobia │ ├─o ordre des Methanomicrobiales │ │ ├─o famille des Methanomicrobiaceae │ │ ├─o famille des Methanocorpusculaceae │ │ └─o famille des Methanospirillaceae │ └─o ordre des Methanosarcinales │ ├─o famille des Methanosarcinaceae │ └─o famille des Methanosaetaceae ├─o classe des Halobacteria │ └─o ordre des Halobacteriales │ └─o famille des Halobacteriaceae ├─o classe des Thermoplasmata │ └─o ordre des Thermoplasmatales │ ├─o famille des Thermoplasmataceae │ ├─o famille des Picrophilaceae │ └─o famille des Ferroplasmataceae ├─o classe des Thermococci │ └─o ordre des Thermococcales │ └─o famille des Thermococcaceae ├─o classe des Archaeoglobi │ └─o ordre des Archaeoglobales │ └─o famille des Archaeoglobaceae └─o classe des Methanopyri └─o ordre des Methanopyrales └─o famille des Methanopyraceae

Classificazione secondo Gao e Gupta

Questo albero è stato stabilito in base alla presenza di alcune proteine specifiche nei diversi gruppi.

Classificazione secondo Gao e Gupta 2007 └─o Archaea ├─o Crenarchaeota │ ├─o Thermoproteales │ └─o │ ├─o Sulfolobales │ └─o Desulfurococcales └─o Euryarchaeota ├─? Nanoarchaeota └─o ├─o Thermoplasmatales │ ├─o Thermoplasmataceae │ └─o │ ├─o Picrophilaceae │ └─o Ferroplasmataceae └─o ├─o Halobacteriales ├─o Thermococcales └─o ├─o Archaeoglobales └─o ├─o Methanosarcinales │ ├─o Methanosarcinaceae │ └─o Methanosaetaceae └─o ├─o Methanomicrobiales └─o ├─o Methanococcales └─o ├─o Methanopyrales └─o Methanobacteriales

Saperne di più

: documento utilizzato come fonte per questo articolo.

Fonti bibliografiche di riferimento

Miklós Csűrös e István Miklós: "Razionalizzazione e grandi genomi ancestrali in Archaea dedotti con un modello filogenetico di nascita e morte" , Mol. Biol. Evol. , volo. 26, n ° 9, 2009, pagg. 2087-2095
Simonetta Gribaldo, Patrick Forterre e Céline Brochier-Armanet: " L'Archaea: evoluzione e diversità del terzo dominio dei viventi ", Bull. Soc. Fr. Microbiol. , volo. 23, n ° 3, 2008, pagg. 137–145
Beile Gao e Radhey S Gupta: "Analisi filogenomica delle proteine che sono distintive di Archaea e dei suoi sottogruppi principali e l'origine della metanogenesi" , BMC Genomics , 8:86, 2007
George M. Garrity, Timothy G. Lilburn, James R. Cole, Scott H. Harrison, Jean Euzéby e Brian J. Tindall: The Taxonomic Outline of Bacteria and Archaea (TOBA). Release 7.7 , 2007, "Part 1 - The Archaea: Phyla Crenarchaeota and Euryarchaeota", pp.6-31
Brett J. Baker, Gene W. Tyson, Richard I. Webb, Judith Flanagan, Philip Hugenholtz, Eric E. Allen e Jillian F. Banfield: "Lineages of Acidophilic Archaea Revealed by Community Genomic Analysis" , Science , vol. 314, pagg. 1933-1935, 2006
Simonetta Gribaldo e Céline Brochier-Armanet: "L'origine e l'evoluzione di Archaea: uno stato dell'arte" , Phil. Trans. R. Soc. B , vol. 361, pagg. 1007–1022, 2006
Céline Brochier, Patrick Forterre e Simonetta Gribaldo: "Un nucleo filogenetico emergente di Archaea: filogenesi di trascrizione e macchinari di traduzione convergono dopo l'aggiunta di nuove sequenze genomiche" , BMC Evolutionary Biology , 2005, 5:36
George M. Garrity, Julia A. Bell e Timothy G. Lilburn: profilo tassonomico dei procarioti, versione 5.0 - Bergey's Manuel of Systematic Bacteriology, seconda edizione , 2004, pagg. 1-399
Thomas Cavalier-Smith : "L'origine neomurana degli archeobatteri, la radice negibatterica dell'albero universale e la megaclassificazione batterica" , International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology , vol. 52, pagg. 7–76, 2002

Altre fonti bibliografiche

Guillaume Lecointre e Hervé Le Guyader : Classificazione filogenetica degli esseri viventi , Belin , 2001-2006³ ( ISBN 2-7011-4273-3 )

Fonti Internet

" Archivio filogenesi di Mikko "
Il Taxonomicon
" Palaeos.org " ( Archive • Wikiwix • Archive.is • Google • Cosa fare? )
" Micro * scope " ( Archive • Wikiwix • Archive.is • Google • Cosa fare? )
Browser della tassonomia NCBI
Il progetto Web Tree of Life