L' ecologia microbica affronta il posto e il ruolo dei microrganismi in un habitat (ambiente, ecosistema ) e l'interazione dei microrganismi tra loro e con il loro ambiente. I microrganismi essendo molto numerosi, ubiquitari (presenti ovunque nel mondo), molto diversificati, molto adattivi, hanno un'importanza primordiale in molti campi.
L'ecologia microbica consiste nel caratterizzare la biodiversità microbica di un ecosistema, caratterizzare le interazioni tra microrganismi (catene trofiche), identificare il ruolo dei microrganismi nell'ecosistema, studiare le interazioni ospite-microrganismo ( simbiosi , commensalismo , parassitismo , patogeno, ecc.). L'ecologia microbica copre quindi un'ampia varietà di aree.
Le strategie ecologiche dei microrganismi sono descritte seguendo un gradiente tra strategie copiotrofiche e oligotrofiche. Le strategie copiotrophic e oligotrofiche sono costruiti per analogia con la r e strategie K . I copiotrofi, analoghi alle specie r-strategy, sono definiti come organismi che consumano materia organica labile, con elevate esigenze nutrizionali, che mostrano alti tassi di crescita quando le risorse sono abbondanti. Hanno una capacità di crescere molto rapidamente in caso di aumento della disponibilità di risorse, ma hanno anche un alto tasso di mortalità in caso di esaurimento delle risorse. Si ritiene che siano dominanti in ambienti con un'elevata quantità di materia organica.
Gli oligotrofi, analoghi alle specie K-strategy, sono definiti come aventi bassi tassi di crescita, una maggiore affinità specifica per i loro substrati (quindi una maggiore capacità di sfruttare risorse difficilmente accessibili o poco labili) e un'elevata tolleranza allo stress . Si ritiene che diventino dominanti nella comunità microbica quando le risorse sono scarse.
Tra le loro altre caratteristiche fisiologiche, si ritiene che i copiotrofi abbiano bassi rapporti C: N e C: P, alto numero di copie di DNA ribosomiale , bassa resa di crescita , alti costi di mantenimento del macchinario cellulare e produzione di enzimi principalmente costitutivi (e non inducibili) . Si ritiene che gli oligotrofi possiedano le caratteristiche opposte.