001 | Colla | Al | Gln | Isola | Thr | Gly | Arg | Pro | Colla | Trp |
011 | Isola | Trp | Leu | Al | Leu | Gly | Thr | Al | Leu | Incontrato |
021 | Gly | Leu | Gly | Thr | Leu | Tyr | Phe | Leu | Val | Gigli |
031 | Gly | Incontrato | Gly | Val | Ser | Asp | Pro | Asp | Al | Gigli |
041 | Gigli | Phe | Tyr | Al | Isola | Thr | Thr | Leu | Val | Pro |
051 | Al | Isola | Al | Phe | Thr | Incontrato | Tyr | Leu | Ser | Incontrato |
061 | Leu | Leu | Gly | Tyr | Gly | Leu | Thr | Incontrato | Val | Pro |
071 | Phe | Gly | Gly | Colla | Gln | Asn | Pro | Isola | Tyr | Trp |
081 | Al | Arg | Tyr | Al | Asp | Trp | Leu | Phe | Thr | Thr |
091 | Pro | Leu | Leu | Leu | Leu | Asp | Leu | Al | Leu | Leu |
101 | Val | Asp | Al | Asp | Gln | Gly | Thr | Isola | Leu | Al |
111 | Leu | Val | Gly | Al | Asx | Gly | Isola | Incontrato | Isola | Gly |
121 | Thr | Gly | Leu | Val | Gly | Al | Leu | Thr | Gigli | Val |
131 | Tyr | Ser | Tyr | Arg | Phe | Val | Trp | Trp | Al | Isola |
141 | Ser | Thr | Al | Al | Incontrato | Leu | Tyr | Isola | Leu | Tyr |
151 | Val | Leu | Phe | Phe | Gly | Phe | Thr | Ser | Gigli | Al |
161 | Glx | Ser | Incontrato | Arg | Pro | Colla | Val | Al | Ser | Thr |
171 | Phe | Gigli | Val | Leu | Arg | Asn | Val | Thr | Val | Val |
181 | Leu | Trp | Ser | Al | Tyr | Pro | Val | Val | Trp | Leu |
191 | Isola | Gly | Ser | Colla | Gly | Al | Gly | Isola | Val | Pro |
201 | Leu | Asn | Isola | Colla | Thr | Leu | Leu | Phe | Incontrato | Val |
211 | Leu | Asp | Val | Ser | Al | Gigli | Val | Gly | Phe | Gly |
221 | Leu | Isola | Leu | Leu | Arg | Ser | Arg | Al | Isola | Phe |
231 | Gly | Colla | Al | Colla | Al | Pro | Colla | Pro | Ser | Al |
241 | Gly | Asp | Gly | Al | Al | Al | Thr | Ser | ||
Sequenza peptidica della batteriorodopsina . |
La batteriorodopsina è una piccola proteina presente in alcuni archaea , inclusi gli alobatteri , dove funziona come una pompa protonica utilizzando l' energia della luce per generare un gradiente di protoni attraverso la membrana cellulare .
Questa proteina si trova in particolare nella membrana viola dell'archaea alofila Halobacterium salinarum .
Questa proteina di 248 aminoacidi ha la forma di un omotrimero con simmetria cilindrica. Ciascuna delle tre unità identiche ha una struttura di sette eliche α transmembrana - una struttura chiamata opsina - che intrappolano un cromoforo , qui una molecola retinica legata al residuo di lisina 216 da una base di Schiff protonata.
La molecola si comporta generalmente come una pompa protonica generando una differenza di pH tra la regione extracellulare e l'interno della cellula, gradiente di protoni che a sua volta permette la produzione di ATP .
Il pompaggio di protoni fuori dalla cellula è attivato da cambiamenti conformazionali nella batteriorodopsina indotti dall'alternanza tra la forma eccitata 13- cis , 15- syn e la forma all- trans , 15- anti allo stato fondamentale della retina .:
Il meccanismo di pompaggio può essere riassunto come segue:
La retina riprotonata riacquista la sua configurazione all trans e la proteina, le cui cariche elettriche interne si sono riequilibrate, ritorna alla sua conformazione iniziale. Ciascuno di questi fotocicli dura da 10 a 20 ms in vivo .
La semplicità della batteriorodopsina ne ha fatto un modello per lo studio della bioenergetica e per il trasporto di membrana . È anche di interesse per l'industria dell'archiviazione dei dati , in quanto potrebbe fungere da unità di archiviazione estremamente miniaturizzata controllabile da impulsi luminosi (alla velocità di un bit per molecola, un disco di 12 cm di diametro potrebbe contenere da 20 a 50 TB ). L'uso della batteriorodopsina è una delle prime applicazioni dell'elettronica molecolare organica, una disciplina emergente nella nanoinformatica .