Marcatore genetico

Il marker genetico è un gene o una sequenza di DNA polimorfico facilmente rilevabile da una posizione nota su un cromosoma . Può essere utilizzato nella mappatura genetica per "etichettare" il genoma e identificare individui o specie.

Il marker genetico può essere descritto come una variazione (che può verificarsi a causa di mutazione o alterazione dei loci genomici) che può essere osservata. Un marker genetico può essere una breve sequenza di DNA, come una sequenza attorno a una singola coppia di basi (polimorfismo a singolo nucleotide, SNP ) o sequenze ripetute ( VNTR ), come i minisatelliti .

Fino al 1980 , i marcatori genetici erano morfologici perché basati solo su geni polimorfici mappati dall'analisi dei fenotipi . Nuove biotecnologie ( PCR, ecc.) Consentono l'analisi diretta del polimorfismo delle sequenze di DNA per redigere una mappa genetica ( marcatori molecolari - direttamente DNA - o biochimici).

Tipi di marker

Esistono diversi tipi di marker:

• RFLP , polimorfismo della lunghezza del frammento di restrizione,
• AFLP , polimorfismo della lunghezza dei frammenti amplificati
• SSLP , polimorfismo della lunghezza della sequenza semplice
• RAPD , amplificazione casuale del DNA polimorfico
• SNP , polimorfismo nucleotidico,
• SSCP , polimorfismo conformazionale a filamento singolo
• EST , marcatore di sequenza espressa,
• CNV , Variabilità del numero di copie,
• VNTR , sequenza ripetuta
  • SSR (ripetizione di sequenza semplice) o polimorfismo dei microsatelliti ,
  • minisatellite ,
  • STS , sito con tag in sequenza

Caratteristiche

Secondo Bretting e Widrlechner (1995), le condizioni ideali per un marker genetico sono:

• essere polimorfico , in modo da poter distinguere facilmente tra individui o lignaggi;
• essere relativamente "neutri", sia in termini di valore del tratto studiato, sia di valore selettivo  ;
• essere codominante , per distinguere gli eterozigoti dagli omozigoti  ;
• essere un semplice tratto mendeliano ereditato ;
• non essere pleiotropico o epistatico  ;
• essere disperso lungo il genoma;
• non essere collegato a un altro marker;
• essere stabile, indipendentemente dalla fase di sviluppo;
• non avere alcun impatto sulla crescita o sulla riproduzione sessuale;
• essere facilmente osservabile, senza possibili ambiguità;
• essere poco costoso;

Classificazione dei marker

Possono essere classificati in tre gruppi a seconda che rivelino:

• la codominanza o allele dominante
• polimorfismo di sequenze o unità di ripetizione
• un luogo , una regione particolare o intere regioni ( profilo genetico , mappe genetiche sature).

Note e riferimenti

1. Daniel Prat & al, Analisi del genoma e gestione delle risorse genetiche forestali [ leggi online ] , pp. 73-74, ed. Quae, 2006, 456 pagg. ( ISBN  2738012272 ) .
2. D. De Vienne e S. Santoni , "  Le principali fonti di marcatori molecolari  ", Marcatori molecolari in genetica ,1998, p.  49-79

Da non confondere

• Gene marcatore , che serve come controllo per la trasformazione genetica,
• Marcatore biologico , testimone di disturbi ecologici,