Il polimorfismo nucleotidico (PN) o polimorfismo di un singolo nucleotide (PSN) (polimorfismo a singolo nucleotide in inglese) è, in genetica , la variazione ( polimorfismo ) di una singola base coppia di del genoma tra individui della stessa specie . La variazione deve essere localizzata in una posizione specifica nel genoma e apparire su una proporzione maggiore dell'1% della popolazione per essere caratterizzata come NHP. Queste variazioni sono molto frequenti (circa una coppia di basi su mille nel genoma umano).
Gli NHP rappresentano il 90% di tutte le variazioni genetiche umane e gli NHP con una frequenza allelica maggiore dell'1% sono presenti in media ogni cento o trecento paia di basi nel genoma umano, dove due NHP su tre sostituiscono la citosina con la timina .
Gli NHP sono alla radice delle differenze nella nostra suscettibilità alle malattie; questo è valido per una vasta gamma di malattie umane, tra cui l' anemia falciforme , la β- talassemia e la fibrosi cistica, manifestazioni di questa variazione genetica sono anche la gravità delle malattie e il modo in cui il nostro corpo risponde ai trattamenti . Ad esempio, una singola mutazione della coppia di basi nel gene Apo E ( apolipoproteina E ) è associata a un rischio più elevato di malattia di Alzheimer .
Gli NHP possono essere trovati all'interno di regioni codificanti di geni ( esone ), regioni non codificanti di geni ( introne ) o regioni intergeniche, tra i geni. Nel caso in cui gli NHP si trovino all'interno delle regioni codificanti, queste ultime non modificheranno necessariamente la sequenza amminoacidica della proteina prodotta, grazie alla ridondanza del codice genetico .
Gli NHP che si trovano nelle regioni non codificanti possono avere conseguenze sullo splicing , sui fattori di trascrizione o sulle sequenze di RNA non codificanti .
Si parlerà di forme alleliche sinonime nel caso in cui più forme di un NHP conducano alla stessa sequenza polipeptidica , e di forme non sinonime nel caso in cui le sequenze prodotte differiscano. Naturalmente, questo si applica solo alle regioni codificanti del genoma. Nel linguaggio di tutti i giorni parleremo quindi di "mutazioni sinonimi / non sinonimi".
Gli NHP sono strumenti per identificare i genotipi (riconoscere le persone, ad esempio) da campioni di materia organica o aiutare a costruire alberi genealogici di esseri viventi o specie.
In media, si incontra un NHP ogni 100-1000 nucleotidi. Ce ne sono dell'ordine di 5 × 10 6 nel genoma umano. Alcune associazioni di NHP sono caratteristiche di alcune popolazioni. La distribuzione degli NHP è casuale. In qualsiasi gene ci si può aspettare una media di 10 NHP, ma alcuni potrebbero non averne nessuno. Nel 2001 c'erano 800.000 NHP nel genoma umano.
Cromosoma | Numero di NHP |
Cromosoma | Numero di NHP |
Cromosoma | Numero di NHP |
---|---|---|---|---|---|
1 | 16.759 | 9 | 5.790 | 17 | 6.392 |
2 | 12.748 | 10 | 6.014 | 18 | 2.682 |
3 | 10 112 | 11 | 6.931 | 19 | 7 664 |
4 | 6.995 | 12 | 7 375 | 20 | 5 381 |
5 | 9 146 | 13 | 2.847 | 21 | 3.478 |
6 | 13 888 | 14 | 5.827 | 22 | 5.400 |
7 | 12.389 | 15 | 4 343 | X | 3.253 |
8 | 4 962 | 16 | 5.771 | Y | 63 |
Totale | 177.594 |