Una sequenza palindromica è una sequenza di acido nucleico - DNA o RNA - identica quando letta nella direzione 5 '→ 3' su un filamento o nella direzione 5 '→ 3' sul filamento complementare. Questo è ad esempio il caso della seguente sequenza, che è riconosciuta dall'enzima chiamato Eco RI , un enzima di restrizione di E. coli :
5'- G AA TT C -3 ' 3'- C TT AA G -5 'La definizione di un palindromo in genetica è diversa dalla definizione classica di segni. Infatti, secondo quest'ultimo, un palindromo è una serie di segni che presentano una simmetria, che è ben illustrata in latino dal quadrato Sator : SATOR AREPO TENET OPERA ROTAS .
D'altra parte, gli acidi nucleici sono costituiti da nucleotidi per RNA e deossinucleotidi per DNA capaci di accoppiarsi formando coppie di basi complementari : di conseguenza, una sequenza genetica si dice palindromica quando ha simmetria con la sua sequenza complementare e non con se stessa; quindi, la sequenza ACCTAGGT sarà detta palindromica, sebbene non sia essa stessa simmetrica, poiché è simmetrica con la sequenza TGGATCCA, che è complementare ad essa.
Questa particolarità ha l'effetto di favorire la formazione di strutture chiamate "tornante", o gambo-cappio : le sequenze complementari e simmetriche si accoppiano formando un'asta elicoidale con un cappio attorno al punto di simmetria della sequenza palindromica. Tali sequenze palindromiche si trovano nella maggior parte dei genomi .
Le sequenze palindromiche si trovano anche nelle proteine . Sono quindi le simmetrie della struttura secondaria , e quindi la sequenza negli amminoacidi . Il loro ruolo, tuttavia, rimane poco chiaro. È stato recentemente suggerito che l'esistenza di sequenze palindromiche nelle proteine sia correlata alla presenza di regioni di bassa complessità, poiché i palindromi sembrano essere associati a regioni di bassa complessità. Potrebbero anche essere collegati alle eliche α o alla formazione di complessi proteina / proteina.