La medaglia Helmholtz è stata creata il 31 agosto 1891per celebrare il 70 ° anniversario di Hermann von Helmholtz e premiare i ricercatori per i loro eccezionali risultati nei campi delle scienze naturali e della tecnologia, della medicina e della teoria della conoscenza nelle scienze sociali. Fu assegnato per la prima volta dalla Royal Prussian Academy of Sciences : dal 1946 dall'Accademia tedesca delle scienze di Berlino , dal 1972 ribattezzata Accademia delle scienze della RDT . Dal 1992, questo onore è stato assegnato all'Accademia delle scienze di Berlino-Brandeburgo . La medaglia Helmholtz viene assegnata ogni due anni dal 1994.