Il cristianesimo in Mongolia , in particolare il nestoriano , era la religione in cui furono allevati diversi khagani , in seguito al matrimonio di Tolui figlio di Gengis Khan con un nestoriano. Il censimento del 2010 contava il 2,1% dei cristiani tra i 2.754.685 abitanti del Paese.
Nella Mongolia Interna , rimasta cinese dopo l'indipendenza della Mongolia nel 1911, ci sono anche alcune chiese, soprattutto nella capitale Hohhot .
La madre di Gengis Khan , Hö'elün , era un membro della tribù Merkit , una tribù che sarà almeno parzialmente cristianizzata.
Nel XIII ° secolo , nel Impero Mongolo , dai discendenti di Gengis Khan, Tuluy , il suo figlio prediletto, sposò la principessa Soyughaqtani un Kerayit e costruito una chiesa nestoriana . I loro figli Möngke e Kubilai gli succederanno entrambi come Khagan e saranno cresciuti con i loro fratelli Houlagou e Ariq Boqa nella fede cristiana, ma lo yassa mongolo proibisce loro di essere battezzati. Sotto i regni di Ögödei , Güyük e Möngke , il cristianesimo continuò a svilupparsi secondo i riti della Chiesa nestoriana.
I Nestoriani erano ancora attivi durante la dinastia Yuan nella Mongolia Interna, in particolare a Wulan-Chabu dove gli Öngüt controllavano i punti di passaggio tra l'attuale Shanxi , Pechino e la Mongolia.
I francescani viaggiarono nell'impero mongolo prima e durante la dinastia Yuan (periodo durante il quale comprende la Cina), tra cui John Carpin Plan (1245-1247), Guglielmo di Rubrouck (1253-1254) e Giovanni di Montecorvino ( 1294-1328 ).
Il regno cristiano di Armenia e le comunità cristiane dell'Asia come i nestoriani si affidavano ai mongoli (tartari). Luigi IX (noto come Saint Louis ) strinse un'alleanza con loro contro i Saraceni . Questi scambi furono all'origine di un'influenza indù, buddista e più in generale orientale nell'arte cristiana.
Nel 1874, la diocesi di Xiwanzi (in Xiwangzi 西 弯子/西 彎子, ), Suiyuan , attuale città di Hohhot , Mongolia Interna , divenne la sede del primo vicariato apostolico di Scheut . Allora ha servito da rifugio per i Vincenziani vulnerabili alla persecuzione della metà del XIX ° secolo . Colonne di soldati russi vennero in aiuto dei missionari scheutisti nel dicembre 1900 .
Il 14 marzo 1922, viene fondata la missione sui iuris di Ourga . Il posto di superiore è rimasto vacante dal 1931. Nel 1991, Mongolia e Santa Sede hanno stabilito relazioni diplomatiche, consentendo il ritorno dei missionari. La missione è stata istituita come Prefettura Apostolica di Ulan Bator il8 luglio 2002. Venceslao Selga Padilla , primo superiore della missione sui iuris poi prefetto apostolico , è stato nominato vescovo nel 2003 e ha ricoperto questa carica fino alla sua morte nel 2018.
Secondo il censimento del 2010, i cristiani di età pari o superiore a 15 anni erano 41.117, pari al 2,1% della popolazione totale.