Betacoronavirus
Betacoronavirus
TEM del bordo
MERS-CoV di una cellula infetta da
MRC-5 .
Genere
Betacoronavirus ICTV 2009
Sottogeneri di rango inferiore
Il betacoronavirus (o β- coronavirus ) è uno dei quattro generi conosciuti di coronavirus . È classificato nella sottofamiglia Orthocoronavirinae , nella famiglia Coronaviridae e nell'ordine Nidovirales . Include virus a RNA con involucro a singolo filamento , senso positivo , di origine zoonotica .
Il genere Betacoronavirus è organizzato in 5 sottogeneri e una quindicina di specie. Nella letteratura precedente, questo genere è anche noto come "coronavirus di gruppo 2".
Le specie di Betacoronavirus clinicamente più rilevanti nell'uomo sono il Betacoronavirus 1 (OC43) e il coronavirus umano HKU1 nel sottogenere Embecovirus , SARS-CoV e SARS-CoV-2 nel sottogenere Sarbecovirus e MERS-CoV nel sottogenere Merbecovirus .
Virologia
I betacoronavirus ( β- CoV) infettano principalmente i pipistrelli , creando linee derivate virali distinte note per influenzare i tratti respiratori e/o enterici di altre specie di mammiferi , compreso l'uomo (insieme a HCoV-HKU1 e HCoV-OC43 ). Negli animali, diversi beta -CoVs sono finora stati trovati in specie differenti come cammelli o dromedari e conigli , e anche nei suini (PHEV), cavalli (coronavirus equino, ECoV) e cani. (Coronavirus canino respiratorio, CRCoV).
Inoltre, diversi virus legati al genere Betacoronavirus (virus “tipo β- CoV ” , tutti attualmente compresi nella singola specie Betacoronavirus-1 ), sono stati riscontrati nell'apparato digerente (enterico) e/o respiratorio di ruminanti domestici e selvatici. : nei ruminanti domestici come pecore e capre, bufalo d'acqua ( Bubalus bubalis ), lama ( Lama glama ) e alpaca ( Vicugna pacos ). Sei specie di cervi lo portano (caribù / renna ( Rangifer tarandus caribou ), cervo / alce ( Cervus elaphus ), sambar ( Cervus unicolor ), cervo dalla coda bianca ( Odocoileus virginianus ), cervo sika ( Cervus nippon yesoensis ) e l'acqua il cervo ( Hydropotes inermis ), la giraffa ( Giraffa camelopardalis ), diverse antilopi , il bisonte europeo ( Bison bonasus ), il thar himalayano ( Hemitragus jemlahicus ), e il dromedario ( Camelus dromedarius ).
Nell'uomo, i beta-coronavirus umani sono agenti del comune raffreddore . Alcuni betacoronavirus hanno causato epidemie umane, solitamente con febbre e sintomi respiratori. Loro includono:
- due ceppi di SARSr-CoV :
-
MERS-CoV , agente della sindrome respiratoria mediorientale (MERS, 2012).
Gestione del rischio ecoepidemiologico
Rischio pandemia : dai primi anni 2000 , molti ecologisti , virologi e veterinari hanno avvertito che le condizioni per una grave pandemia zoonotica erano soddisfatte. In considerazione dell'elenco di specie sopra presentato, e sapendo che i betacoronavirus ( β -CoV) sono archetipi di virus che attraversano facilmente le barriere interspecie , i cacciatori, gli allevatori e la professione legata ai macelli e ai mercati umidi in prima linea in termini di contatto con un possibile virus emergente. Secondo questi due specialisti in malattie infettive,è quindi necessaria unasorveglianza genomica “massiccia” nella fauna selvatica (e non solo per i CoV), così come il sequenziamento massiccio e condiviso dei ceppi di SARS-CoV-2 rilevati nella fauna selvatica e nei pazienti che hanno sviluppato COVID-19, al fine di comprendere l'origine del COVID-19 ed evitare altre pandemie simili o più gravi. Prima è urgente;
- chiudere tutti i mercati umidi e attuare una gestione più rispettosa dell'ambiente;
- comprendere le interazioni tra i CoV e i loro ospiti, in vitro (colture cellulari, espianti di vie respiratorie ex-vivo) e in vivo (studio di animali suscettibili all'infezione da SARS-CoV-2 );
- preparare nuovi farmaci anti-coronavirus senza aspettare una prossima epidemia o pandemia.
L' OMS e l' OIE , sotto l'egida dell'ONU, raccomandano di trattare le pandemie zoonotiche attraverso un approccio globale e balistico noto come " One Health ".
genoma
I coronavirus hanno un grande genoma a RNA che varia da 26 a 32 kilobasi .
Classificazione
Il genere Betacoronavirus della sottofamiglia Orthocoronavirinae della famiglia Coronaviridae comprende 5 sottogeneri riconosciuti dall'International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV):
virioni
Le particelle virali , quasi sferiche, sono generalmente ricoperte da grandi proiezioni superficiali (~ 20 nm ) a forma di petalo o punto (le " spighe " in inglese), che creano un'immagine che ricorda la corona solare in micrografia elettronica: questa proprietà è all'origine del nome di coronaviruses. Questi “spicchi”, proteine S (spiculari) presenti sulla superficie del virus, determinano il trofismo dell'ospite.
Il sottogenere Embecovirus differisce dagli altri in quanto i virioni hanno una proteina più corta a forma di punta chiamata emoagglutinina esterasi (HE).
Diverse strutture di proteine spiculari sono state risolte. Il dominio di legame del recettore nella proteina S (peplomero) di alfa e beta-coronavirus è catalogato come InterPro: IPRO018548 . Le proteine S si riuniscono in trimeri ( PDB : 3jcl , 6acg ), la cui struttura centrale ricorda quella delle proteine F (di fusione) dei paramixovirus .
Note e riferimenti
-
ICTV. Comitato internazionale sulla tassonomia dei virus. Storia della tassonomia. Pubblicato su Internet https://talk.ictvonline.org/., Accesso 24 gennaio 2021
-
" Filogenesi dei betacoronavirus simili alla SARS " , ceppo successivo (consultato il 18 gennaio 2020 )
-
Memish, Zumla, Al-Hakeem e Al-Rabeeah, " Family Cluster of Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus Infections ", New England Journal of Medicine , vol. 368, n . 26,2013, pag. 2487–94 ( PMID 23718156 , DOI 10.1056 / NEJMoa1303729 )
-
(en) Nicola Decaro e Alessio Lorusso , “ Novel human coronavirus (SARS-CoV-2): Una lezione dai coronavirus animali ” , su Veterinary Microbiology ,maggio 2020( PMID 32402329 , PMCID PMC7195271 , DOI 10.1016 / j.vetmic.2020.108693 , accesso 25 maggio 2020 ) ,p. 108693
-
Woo, Wang, Lau e Xu, " L'analisi comparativa di dodici genomi di tre nuovi coronavirus del gruppo 2c e del gruppo 2d rivela caratteristiche uniche di gruppi e sottogruppi ", Journal of Virology , vol. 81, n . 4,2007, pag. 1574–85 ( PMID 17121802 , PMCID 1797546 , DOI 10.1128 / JVI.02182-06 )
-
Lau, Woo, Yip e Fan, “ Isolamento e caratterizzazione di un romanzo Betacoronavirus sottogruppo A coronavirus, coniglio coronavirus HKU14, da conigli domestici ”, Journal of Virology , vol. 86, n . 10,2012, pag. 5481–96 ( PMID 22398294 , PMCID 3347282 , DOI 10.1128 / JVI.06927-11 )
-
Lau, Poon, Wong e Wang, “ Coesistenza di diversi genotipi nello stesso pipistrello e caratterizzazione sierologica del coronavirus del pipistrello Rousettus HKU9 appartenente a un nuovo sottogruppo di Betacoronavirus ”, Journal of Virology , vol. 84, n . 21,2010, pag. 11385–94 ( PMID 20702646 , PMCID 2953156 , DOI 10.1128 / JVI.01121-10 )
-
Zhang, Zheng, Agwanda e Ommeh, " Evidenza sierologica della coinfezione da CoV correlata a MERS-CoV e HKU8 nei cammelli del Kenya ", Emerging Microbes & Infections , vol. 8, n ° 1,24 ottobre 2019, pag. 1528–1534 ( DOI 10.1080 / 22221751.2019.1679610 )
-
Reinhardt, G., Zamora, J., Tadich, N., Polette, M., Aguilar, M., Riedemann, S., & Palisson, J. (1995). Diagnosi di coronavirus nelle pecore nella provincia di Valdivia, regione X, Cile. Archivi di Medicina Veterinaria, 27, 129-132.
-
(in) Dong-Kun Yang , In-Jin Hwang , Byoung-Han Kim e Chang-Hee Kweon , " siero di malattie virali nelle capre native coreane (Capra hircus) " , Journal of Veterinary Medical Science , vol. 70, n . 9,2008, pag. 977–979 ( ISSN 0916-7250 e 1347-7439 , DOI 10.1292/jvms.70.977 , lettura online , accesso 27 maggio 2020 )
-
(in) Nicola Decaro Vito Martella , Gabriella Elia e Marco Campolo , " Analisi biologica e genetica di un coronavirus simile a un bovino isolato da vitelli di bufalo d'acqua (Bubalus bubalis) " , Virology , vol. 370, n . 1,gennaio 2008, pag. 213-222 ( PMID 17916374 , PMCID PMC7103353 , DOI 10.1016 / j.virol.2007.08.031 , lettura online , accesso 27 maggio 2020 )
-
-
(in) L. Jin , CK Cebra , RJ Baker e DE Mattson , " Analisi della sequenza del genoma di un coronavirus alpaca " , Virology , vol. 365, n ° 1,agosto 2007, pag. 198–203 ( PMID 17459444 , PMCID PMC7185508 , DOI 10.1016 / j.virol.2007.03.035 , lettura online , accesso 27 maggio 2020 )
-
(in) Haitham Mohamed Amer , " Coronavirus simili a bovini nei ruminanti domestici e selvatici " , Recensioni sulla ricerca sulla salute degli animali , vol. 19, n . 2dicembre 2018, pag. 113-124 ( ISSN 1466-2523 e 1475-2654 , PMID 30683171 , PMCID PMC7108644 , DOI 10.1017 / S1466252318000117 , lettura online , accesso 27 maggio 2020 )
-
(in) Mustafa Hasoksuz Konstantin Alekseev , Anastasia Vlasova e Xinsheng Zhang , " Caratterizzazione genomica biologica, antigenica e integrale di un coronavirus simile a quello bovino isolato da una giraffa " , Journal of Virology , vol. 81, n . 10,15 maggio 2007, pag. 4981–4990 ( ISSN 0022-538X e 1098-5514 , PMID 17344285 , PMCID PMC1900194 , DOI 10.1128 / JVI.02361-06 , lettura online , accesso 27 maggio 2020 )
-
(in) Konstantin P. Alekseev , N. Anastasia Vlasova , Kwonil Jung e Mustafa Hasoksuz , " Coronavirus simili a bovini isolati da quattro specie di ruminanti selvatici in cattività sono omologhi ai coronavirus bovini, basati su sequenze genomiche complete " , Journal of Virology , volo. 82, n . 24,15 dicembre 2008, pag. 12422–12431 ( ISSN 0022-538X e 1098-5514 , PMID 18842722 , PMCID PMC2593316 , DOI 10.1128 / JVI.01586-08 , lettura online , accesso 27 maggio 2020 )
-
(in) Joon Yee Chung , Hye-Ryoung Kim Yu-Chan Bae e O-Soo Lee , " Rilevazione e caratterizzazione di coronavirus simili a bovini da quattro specie di ruminanti dello zoo " , Microbiologia veterinaria , vol. 148 n ossa 2-4,24 marzo 2011, pag. 396–401 ( PMID 20880639 , PMCID PMC7117225 , DOI 10.1016 / j.vetmic.2010.08.035 , lettura online , accesso 27 maggio 2020 )
-
(in) PCY Woo , SKP Lau , CSF Lam e AKL Tsang , " La scoperta di un nuovo delfino tursiope da coronavirus ha rivelato specie distinte di coronavirus di mammiferi marini nel Gammacoronavirus " , Journal of Virology , vol. 88 n ° 2,15 gennaio 2014, pag. 1318–1331 ( ISSN 0022-538X , PMID 24227844 , PMCID PMC3911666 , DOI 10.1128 / JVI.02351-13 , lettura online , accesso 27 maggio 2020 )
-
(in) Contini C e Di Nuzzo M , " The Novel Zoonotic Covid-19 Pandemic: An Expected Global Health Concern " sul Journal of infezioni nei paesi in via di sviluppo ,31 marzo 2020( PMID 32235085 , accesso 22 maggio 2020 )
-
(in) " Comitato internazionale sulla tassonomia dei virus (ICTV) " su talk.ictvonline.org (consultato il 31 gennaio 2020 )
-
(in) The Coronavirus ICTV Study Group, " Revisione della famiglia Coronaviridae " su ICTV online
-
DOI : 10,1186 / s44149-021-00005-9
-
DOI : 10.1128 / JVI.01600-13
-
DOI : 10.1073 / pnas.0506735102
-
Shin Murakami , Tomoya Kitamura , Jin Suzuki , Ryouta Sato , Toshiki Aoi , Marina Fujii , Hiromichi Matsugo , Haruhiko Kamiki , Hiroho Ishida , Akiko Takenaka-Uema , Masayuki Shimojima e Taisuke Phymojima e Taisuke Horicobet virus , relativi al carattere SAR -CoV-2, Giappone ”, Malattie infettive emergenti , vol. 26, n . 12,dicembre 2020, pag. 3025–3029 ( DOI 10.3201/ eid2612.203386 )
-
Tommy Tsan-Yuk Lam , Na Jia , Ya-Wei Zhang , Marcus Ho-Hin Shum , Jia-Fu Jiang , Hua-Chen Zhu , Yi-Gang Tong , Yong-Xia Shi , Xue-Bing Ni , Yun-Shi Liao , Wen-Juan Li , Bao-Gui Jiang , Wei Wei , Ting-Ting Yuan , Kui Zheng , Xiao-Ming Cui , Jie Li , Guang-Qian Pei , Xin Qiang , William Yiu-Man Cheung , Lian-Feng Li , Fang -Fang Sun , Si Qin , Ji-Cheng Huang , Gabriel M. Leung , Edward C. Holmes , Yan-Ling Hu , Yi Guan e Wu-Chun Cao , " Identificazione dei coronavirus correlati alla SARS-CoV-2 nei pangolini malesi ", Natura , vol. 583, n . 7815,9 luglio 2020, pag. 282–285 ( DOI 10.1038 / s41586-020-2169-0 )
-
Ping Liu , Jing-Zhe Jiang , Xiu-Feng Wan , Yan Hua , Linmiao Li , Jiabin Zhou , Xiaohu Wang , Fanghui Hou , Jing Chen , Jiejian Zou e Jinping Chen , “ Sono i pangolini l'ospite intermedio del nuovo coronavirus del 2019 ( SARS-CoV-2)? », PLOS Pathogens , vol. 16, n . 5,14 maggio 2020, e1008421 ( DOI 10.1371 / journal.ppat.1008421 )
-
(it) Vibol Hul , Deborah Delaune , Erik A. Karlsson , Alexandre Hassanin , Putita Ou Tey , Artem Baidaliuk , Fabiana Gámbaro , Vuong Tan Tu , Lucy Keatts , Jonna Mazet , Christine Johnson , Philippe Buchy , Philippe Dussart , Tracey Goldstein , Etienne Simon-Lorière e Veasna Duong , " Un nuovo coronavirus correlato alla SARS-CoV-2 nei pipistrelli della Cambogia " , su bioRxiv ,26 gennaio 2021( DOI 10.1101/202.01.26.428212 ) ,pag. 2021.01.26.428212
-
S Wacharapluesadee , CW Tan , P Maneeorn , P Duengkae , F Zhu , Y Joyjinda , T Kaewpom , WN Chia , W Ampoot , BL Lim , K Worachotsueptrakun , VC Chen , N Sirichan , C Ruchisrisarod , A Rodpan , K Noradechanon , T Phaichana , N Jantarat , B Thongnumchaima , C Tu , G Crameri , MM Stokes , T Hemachudha e LF Wang , “ Evidenze di coronavirus correlati alla SARS-CoV-2 che circolano nei pipistrelli e nei pangolini nel sud-est asiatico. ”, Comunicazioni della natura , vol. 12, n ° 1,9 febbraio 2021, pag. 972 ( PMID 33563978 , PMCID 7873279 , DOI 10.1038 / s41467-021-21240-1 )
-
H Zhou , X Chen , T Hu , J Li , H Song , Y Liu , P Wang , D Liu , J Yang , EC Holmes , AC Hughes , Y Bi e W Shi , " Un nuovo pipistrello Coronavirus strettamente correlato alla SARS- CoV-2 contiene inserzioni naturali nel sito di scissione S1 / S2 della proteina Spike. », Biologia attuale: CB , vol. 30, n . 11,8 giugno 2020, pag. 2196-2203.e3 ( PMID 32416074 , DOI 10.1016 / j.cub.2020.05.023 )
-
" Addendum: Un focolaio di polmonite associato a un nuovo coronavirus di probabile origine da pipistrello ", Nature , vol. 588, n . 7836,dicembre 2020, E6 ( PMID 33199918 , DOI 10.1038/s41586-020-2951-z , leggi in linea )
-
(in) " Dominio di legame del recettore di picco (voce InterPro IPR018548) " su https://www.ebi.ac.uk/interpro (consultato il 24 gennaio 2020 )
-
Huang, Qi, Lu e Wang, " Dominio di legame del recettore putativo della proteina Spike HKU9 del coronavirus derivata da pipistrello: evoluzione dei motivi di legame del recettore del betacoronavirus. ”, Biochimica , vol. 55, n . 43,1 ° novembre 2016, pag. 5977-5988 ( PMID 27696819 , DOI 10.1021/acs.biochem.6b00790 )
-
(en-US) AC Walls , MA Tortorici , BJ Bosch e B. Frenz , “ Struttura di microscopia crioelettronica di un trimero di glicoproteina a picco di coronavirus. » , Natura , vol. 531,2016, pag. 47–52 ( DOI 10.2210/pdb3jcl/pdb , lettura online , accesso 24 gennaio 2020 )
-
(in) " Cryo-microscopia elettronica struttura del coronavirus spike glycoprotein toil " (consultato il 24 gennaio 2020 )
-
(en-US) W. Song , M. Gui , X. Wang e Y. Xiang , “ Struttura Cryo-EM della glicoproteina spike del coronavirus SARS in complesso con il suo recettore della cellula ospite ACE2. » , PLoS Pathog. , vol. 14,2018, e1007236 – e1007236 ( DOI 10.2210/pdb6acg/pdb , lettura online , accesso 24 gennaio 2020 )
-
(in) " Glicoproteina spike SARS-CoV trattata con tripsina scissa e a basso pH e complesso ACE2, conformazione 1 legata all'ACE2 " su Protein Data Bank (consultato il 24 gennaio 2020 )
-
Walls, Tortorici, Bosch e Frenz, “ Struttura di microscopia crioelettronica di un trimero glicoproteico spike del coronavirus ”, Nature , vol. 531, n . 7592,8 febbraio 2016, pag. 114–117 ( DOI 10.1038 / natura16988 )
Riferimento biologico