La piccola città di Pernes è teatro di due battaglie combattute durante la Guerra Civile Portoghese che misero i sostenitori del liberalismo contro quelli dell'assolutismo . Il primo avvenne nel 1833 e il secondo l'anno successivo.
Il 11 novembre 1833Lo scontro di Pernes vede le truppe liberali del maresciallo Saldanha e le truppe Michel I st del Portogallo che poi occuparono i mulini nei dintorni, mulini attraverso i quali rifornisce di farina il re e le sue truppe, poi si stabilirono a Santarém . Le truppe di Saldanha riescono a distruggere di sorpresa gran parte dei mulini ea mettere in fuga le truppe assolutiste.
L'anno successivo, il 30 gennaio 1834Si svolge la grande battaglia di Pernes che rimane nella storia come il Pernes Retirada (Fallback Pernes), le truppe di Saldanha infliggendo una pesante sconfitta alle truppe di Michael I st , comandato dal maresciallo de Campo Canavarro con quasi 900 morti, la maggior parte di loro sono annegati nella Alviela ( fr ) . Questa battaglia è decisiva nella guerra civile portoghese.
Il tenente generale Pedro Paulo Ferreira de Sousa , insignito del titolo di 1º Baron de Pernes, gioca un ruolo di primo piano in questa battaglia.