Distanza genetica (genetica della popolazione)

Nella tassonomia , la distanza genetica è una misura della divergenza genetica tra due popolazioni o molecole .

Storicamente, questa misurazione è stata dedotta solo dalle differenze di frequenza allelica , ma oggi a volte vengono utilizzate anche altre informazioni.

Metodi di calcolo

Sono stati proposti diversi metodi per calcolare la distanza genetica. I più comuni sono indicati qui.

In questo articolo, noteremo e le due popolazioni studiate, e rispettivamente e le frequenze per l'allele u-esimo dei loci l-esimo. Esaminiamo i loci. $X$ $Y$ ${\ displaystyle X_ {u}}$ ${\ displaystyle Y_ {u}}$ $L$

La distanza genetica di Nei

Questa misura è stata proposta nel 1972 dal biologo nippo-americano Masatoshi Nei nella seguente forma:

${\ Displaystyle {\ begin {align} D = - \ ln {\ frac {\ sum \ limits _ {l} \ sum \ limits _ {u} X_ {u} Y_ {u}} {\ sqrt {(\ sum \ limits _ {l} \ sum \ limits _ {u} X_ {u} ^ {2}) (\ sum \ limits _ {l} \ sum \ limits _ {u} Y_ {u} ^ {2})} }} \ end {allineato}}}$

$D$ varia tra 0 e infinito. Questo modello presume che le differenze genetiche tra le due popolazioni siano dovute a deriva genetica e mutazioni.

Rappresentazioni grafiche

Spesso vogliamo confrontare più di quattro popolazioni o molecole, il che pone il problema di una rappresentazione efficiente di questi dati. La soluzione generalmente adottata consiste nel ridurre i dati ad una rappresentazione in due o tre dimensioni, utilizzando metodi sviluppati nella statistica multivariata , ed in particolare l' analisi delle componenti principali .

Utilizzare in filogenesi

Vedi anche

Indice di correzione ( ) ${\ displaystyle F_ {ST}}$

Note e riferimenti

Riferimenti

(it) Mark Jobling, Edward Hollox, Matthew Hurles, Toomas Kivisild e hris Tyler-Smith, Human Evolutionary Genetics: Second edition , New York and London, Garland Science,2014, 690 p. ( ISBN 978-0-8153-4148-2 ) , "6.3. MISURAZIONE DELLA DISTANZA GENETICA ", pagg. 173-182

p. 173
"La distanza genetica e la struttura della popolazione possono essere rappresentate utilizzando analisi multivariate", p. 179-180

Altri riferimenti

(EN) Nei, M., " distanza genetica tra le popolazioni " , Am. Nat. , vol. 106,1972, p. 283–292 ( DOI 10.1086 / 282771 )

Appunti