I retrotrasposoni appartengono alla grande famiglia degli elementi trasponibili ( elementi intermedi di classe I a RNA). Corrispondono a sequenze di DNA endogene capaci di muoversi e soprattutto di moltiplicarsi nel genoma dell'ospite, dando luogo a sequenze ripetute disperse . Sono differenziati dai trasposoni (classe II di elementi trasponibili) dal loro intermediario RNA (e non DNA). Il prefisso deriva dal fatto che i retrotrasposoni vanno "all'inverso" del dogma centrale del DNA, perché il loro RNA è "retro" - trascritto nel DNA. Alcuni di loro, retrotrasposoni LTR ( sequenza di ripetizione terminale lunga ) , sono correlati ai retrovirus , ma senza essere infettivi.
La Classe dei retrotrasposoni è molto importante in termini di quantità e qualità. Sulla base sia delle differenze strutturali, sia della presenza o assenza di lunghe regioni terminali ripetute ( LTR ), distinguiamo due classi di retrotrasposoni: retrotrasposoni con LTR o senza LTR. Queste due classi di elementi differiscono anche per il loro meccanismo di integrazione.
Questi elementi assomigliano ai retrovirus nel loro ciclo di replicazione e struttura. Come questi ultimi, i retrotrasposoni LTR attivi codificano principalmente e generalmente due proteine del tipo gag e pol . Tuttavia, i retrotrasposoni hanno solo un ciclo intracellulare, cioè non possono infettare la cellula vicina, come fanno i retrovirus. Tuttavia, particelle di tipo virale dell'elemento gypsy di Drosophila melonogaster , purificate su gradienti di saccarosio, sono in grado di infettare le cellule poste a contatto con esse. questa capacità infettiva è data dalla presenza di un 3 e proteina maggiore, codifica busta. Questo inviluppo è teoricamente presente in alcuni retrotrasposoni LTR, vicino allo zingaro . Inoltre, i retrotrasposoni si trovano in tutti gli eucarioti (tutti gli organismi composti da cellule del nucleo, al contrario dei procarioti) mentre i retrovirus sono stati trovati attualmente solo negli animali (piccola parte degli eucarioti).
I retrotrasposoni LTR sono generalmente divisi in quattro gruppi: Ty1 / copia , Ty3 /gypsy, DIRS e BEL. A volte aggiungiamo LARD e TRIM negli impianti, dove DIRS e BEL sono assenti. C'è una grande variazione all'interno di questi gruppi:
Anche gli elementi appartenenti a questa classe hanno e usano la trascrittasi inversa . Il loro ciclo di replicazione differisce da quello dei retrotrasposoni . La sintesi del CDNA non avviene nel citoplasma della cellula, ma direttamente nel sito di inserimento della nuova copia: un filamento di DNA dal sito bersaglio verrebbe scisso dall'endonucleasi dell'elemento, ad esso si attacca l'MRNA, permettendo la trascrizione inversa di un filamento. L'mRNA viene quindi rimosso, lasciando spazio alla sintesi del secondo filamento di DNA. Questo meccanismo è chiamato trascrittasi inversa innescata dal bersaglio (o TPRT). I retrotrasposoni senza LTR sono divisi in cinque gruppi: R2, L1, RTE, I e Jockey. La loro filogenesi è complessa perché questa classe include un gran numero di elementi.